Пардон, почему-то пропустили ваш вопрос. Отвечаем.
1) Кажется, реальная бага в определении числа слов. Попробуем посмотреть почему.
2) В <body> у вас всегда должен быть 0. Если для вашей страницы определяется не 0 - это баг и нужно писать нам. Это специальная зона, куда в анализе топ-10 попадают те вхождения, которые анализатор не смог однозначно отнести к какой-либо зоне документа.
3) noindex поможет. Наш анализатор <noindex> тоже учитывает.
3) Анализатор считает все в комплексе, если у вас на странице есть вхождение "замена матрицы ноутбука в минске", то он посчитает именно эту длинную фразу, а не просто "минске".