Здравствуйте, Евгений.
Мы не отключали проверку пунктуации. Возможно, вы случайно переключились во вкладку Красота? В ней, конечно, нет пунктуации, только синонимы, эпитеты, тавтология и пр.
Если вам кажется, что у вас пропала проверка пунктуации во вкладке Грамотность, пожалуйста, пришлите нам свой текст, в котором это произошло.
support @ orfogrammka . ru