Делается это просто. 1. Вы изменяете заказ - следовательно у клиента меняется задолженность, в комментарии к позиции пишите что поставщик по одной позиции прислал отказ. Следовательно у клиента меняется задолженность и сумма за списывается с баланса только по позициям которые пришли на склад. Ознакомьтесь с логикой ведения заказов в разделе помощь - списание оплаты с баланса нужно делать в момент выдачи товара клиенту.