"Хотелось бы иметь возможность печатать акты списания", уточните пожалуйста какую бы форму вы хотели видеть?
"ведомости на выдачу по сотрудникам, а не по подразделениям." - Правильно ли поняли идею, Выбираем сотрудника и только на него печатаем ведомость?
"И было бы неплохо делать расчет годовой заявки с учётом позиций по которым выдачи в будущем году не будет." - Если такой отчет действительно нужен, запланируем сделать.