Это не является ошибкой. Транлитерация производится согласно ГОСТ 7.79-2000 схема Б.
То есть действительно, русская "x" в транслитерации будет как латинская "x".
Транслитерация.
Есть смысл добавить Галочку на возможность Удалять все Лишние Символы, кроме Пробела (Дефиса).
Пример: переводу "Шкафы, пеналы". Получается "shkafy,-penaly". Запятую руками надо удалять. действий в 2 раза больше...