Здравствуйте.
Возможно в будущем появится возможность создавать двухуровневое оглавление, однако в ближайшем времени такого обновления не будет точно.
Чаще всего авторы используют систему двойных названий:
Часть 1. Глава 1
Глава 2
...
Часть 2. Глава 1
...
Кроме того, вы можете определить подзаголовки внутренним форматированием текста (выделение жирным, центрирование и тд), все зависит от структуры вашего произведения. Однако помните, что одна опубликованная часть не должна превышать объем 100 000 знаков с пробелами. Больший объем может привести к подвисанию читалки на мобильных устройствах.