Олег, добрый день.
Мы еще раз тщательно сравнили все позиции, собрали их в ручном режиме и сравнили с теми, что показывает система. Да, есть расхождения с реальной выдачей. С чем эти расхождения связывать мы не готовы утверждать с полной уверенностью.
По нашим данным Яндекс сейчас обновляет выдачу ежедневно, и возможно мы попадаем как раз на момент реформирования выдачи... Вижу что уже день спустя (23 марта) позиции были собраны вполне корректно.
В качестве компенсации могу предложить Вам доначислить бонусные средства за неверно собранные позиции на счет.