Здравствуйте!
Флажки по умолчанию выводятся столбиком (кроме режима ручной разметки - в нем к коду форми не применяются никакие стили), т.е. каждый флажок на новой строке. Однако такой способ отображения может быть переопределен в CSS-стилях вашего сайта. Тогда флажки могут выводиться, например, в строчку.
Пришлите адрес страницы своего сайта с установленной формой, где можно посмотреть пример неправильного отображения флажков (сюда, либо через форму обратной связи http://www.zahodi-ka.ru/karta/feedback.shtml). Возможно, проблема просто решится доработкой поставляемых с формой стилей.