Здравствуйте Евгений!
Изначально, при установке шаблона, файлы загружаются в папки приложений (например для магазина - wa-apps/shop/themes)
При изменении одного из файлов шаблона (из администраторской), все файлы шаблона перезаписываются в отдельную папку (для каждого приложения свою, например для приложения магазин в папку /wa-data/public/shop/themes) - они и участвуют в оформлении пользовательской части.
При обновлении - новые файлы шаблона записываются (как и в случае начальной установке) в папки приложений. Т.е. обновление заменяет "исходные" файлы, а измененные Вами не затрагиваются.
Таким образом происходит обновление всех приложений, плагинов, шаблов
Подробнее об обновлении шаблона "Купить Просто"
Вы можете узнать на странице http://www.webasyst.ru/store/theme/buysimply/obnovlenie/
Если у Вас возникнут сложности - напишите мне
kolmakov.igor@gmail.com