В папке %appdata%\ChemTable Software\Full Uninstall\ есть файл TrackFileSettings.xml. Для того, чтобы добавить или исключить отслеживание на определенных дисках, нужно открыть файл для редактирования и изменить значение параметра Enabled на 1 или 0 соответственно у нужного вам диска. Затем сохранить файл.
Например:
Отслеживание изменений на диске С: ВКЛ:
<Drive Enabled="1">C:\</Drive>
Отслеживание изменений на диске С: ВЫКЛ:
<Drive Enabled="0">C:\</Drive>