Юрий, добрый день.
Смотрите, что у нас есть сейчас.
1) Распределить проекты Вы можете и сейчас. У нас этот функционал называется "метки" для проектов. На основном экране (dashboard) - в верхней части экрана (перед список проектов) есть функционал создания меток. В настройках каждого проекта Вы можете присвоить любое количество меток для каждого из проектов. На основном же экране Вы можете и отфильтровать проекты по меткам.
2) Что касается ручного сбора - при нажатии на ссылку "собрать позиции по всем проектам" у Вас появляется выбор проектов, где Вы как раз можете отметить по каким из них необходимо собрать позиции сегодня.
В ближайшее время мы реализуем возможность выборки проектов для сбора по тегам.
Таким образом, насколько я понимаю, предложенный Вами функционал у нас имеется, за небольшим исключением.
