Время проверки текстов ссылок зависит от этих ссылок нелинейно - от 0 до значения таймаута, указанного в настройках программы - все зависит от серверов, насколько быстро они отдают ответы. Если дополнительно проверяется индексация, неопределенности еще больше, т.к. есть возможность получения бана, перебоев на прокси либо длительных ответов от антикапча-сервисов.
Можно разбить проверку на 2 этапа - сначала выгрузить только обратные ссылки, не проверяя тексты ссылок, а затем проверить эти ссылки в окне "Проверка обратных ссылок" по требуемым параметрам.