Это не связано с сервисом, это связано с особенностями вашего обновления. Вы именно обновляли браузер или сначала удалили старый, а затем установили новый?
P.S. Если вы хотите перестраховаться от пропажи закладок именно сервиса, то при будущих манипуляциях с браузером просто загружайте закладки на сервер (доступно в настройках).
