На текущий момент времени, изменения внесённые в пункте "Если родитель группы не найден - переносить в корневую" не сохраняются для автоматического импорта. Вы первый, кто обратился с таким вопросом. Задача по сохранению настроек по данному пункту уже находится в очереди на разработку.
