Пользователь Leee

Так как удаление происходит безвозвратно, то удаление репозитория намеренно сделано не таким простым, что бы по ошибке не удалить нужный проект.

Иерархической структуры проектов нет, но можно добавить в интерфейс поддержку групп репозиториев, и просматривать репозитории только конкретной группы. Включите в настройках аккаунта галочку "Поддержка групп репозиториев в интерфейсе" и далее в списке репозиториев появится "фильтр по группе репозиториев".