Т.е. чтобы основная определялась не по наименьшему значению ID, а по тому какая категория была выбрана первой при добавлении новости. Соответственно эта же категория присваивалась в url новости.
У вас на сайте были уже такие пожелания,...
Определяется категория не по ID, а по той сортировке, что вы зададите сами в разделе управления категориями. Сортируйте категории так как вам нужно, и нужные категории будут первыми.