Да, Вадим, вы правы: Орфограммка пока не знает топонима Шексна, как и тысяч других. Добавим — будет знать.
Про "ошибку" мы постарались подробно объяснить тут:
https://orfogrammka.ru/проверить-орфографию/ — Орфограммка указывает в тексте места, где по её мнению
может быть ошибка. Своё мнение она аргументирует, предлагает автору текста подробное объяснения со ссылкой на официальное правило. Соглашаться с Орфограммкой или нет — выбор за автором.