В разделе Витрина > Настройки есть настройка сброса всех товаров, которых нет на складе, в конец списка. Воспользуйтесь этой настройкой.
Полностью скрывать товары не рекомендуем, так как это может непредсказуемо сказаться на SEO-продвижении вашего магазина, так как ссылочная структура будет постоянно и иногда хаотично меняться.
Если вы намеренно хотите скрыть товар на витрине, то у каждого товара есть такое свойство.
