Проблема не совсем ясна.
Напишите, пожалуйста, каковы Ваши настройки отображения списка категорий (раздел Настройки/Параметры/Категории). В настройках есть три флажка:
1. Отображать категории второго уровня в блоке
2. Показать второй уровень только у одной корневой
3. Включить аккордеон
В каких они у Вас состояниях?
