Если вы видите на счетчике сообщений некорректную цифру, например -1, значит у вас открыта еще одна вкладка Знакомств, где есть одно непрочитанное сообщение.
Чаще всего, всплывающие окна появляются в другой вкладке Мозилы, где открыта другая заметка, но при этом, нажатие на одной из них приводит к потери остальных и уже не понятно в какой заметке и на какой комментарий ответили. Нельзя ли вести список...
Рубрика "Заметки" на сайте Знакомств является второстепенной, и скорее это бонус для пользователей. Делать сайт похожим на форум нет смысла, у НГС есть проект Форум, в котором то, о чем вы пишите уже реализовано.