Вы наверное немного не верно поняли описание услуги. Антивирус не в том смысле, что всё автоматически "Вылечит". Применительно к сайтам в данном вопросе лучше всё исправлять вручную. При подключении услуги наш сканер просто ежедневно проверяет сайт на вирусы и, в случае заражения, отправляет уведомление на e-mail. В ближайшем будущем будет также подключено и уведомление.по SMS. Это позволяет оперативно исправить проблему и не потерять посетителей сайта. А что касается сложных вирусов, так за 5 лет работы в крупной хостинг компании, мне ещё ни разу подобных не встретилось. Наверное от того, что хорошие программисты, способные реализовать такой код, не занимаются таким мелким "промыслом", как взлом сайтов.
Используются. как сигнатурные, так и эвристические алгоритмы.