Изменить порядок отображения ссылок приложения->страницы
можно в файле "top_menu.html" (приложение "сайт" - вкладка "дизайн"):
конструкция
{if isset($page.id) && $wa_app == 'site'}{*end28.11.13*}{$cid = $page.id}{else}{$cid = null}{/if}
{wa_print_tree tree=$wa->site->pages(0, 2, true) selected=$cid unfolded=true class="category-tree-pull" elem=':name'}
отвечает за вывод страниц приложения "сайт",
конструкция
{strip}
{foreach $wa->apps() as $a}
{$a.name}
{/foreach} {/strip}
Отвечает за вывод ссылок на приложения фреймворка
Поменяйте их местами