Официальный ответ
Okis, 03.01.2016
Все работает максимально правильно, наверное вы просто не понимаете механизмов работы. Я поясню. Вот вы создали товар и указали цену 100 рублей, цена со скидкой, к примеру, 90 рублей. При этом добавили доп. параметр "цвет", значение "красный" и надбавка к цене 30 рублей.
Когда пользователь добавит товар в корзину и укажет красный цвет от от увидит итоговую цену 120 рублей (цена со скидкой 90 + 30 рублей за цвет). Сейчас все работает абсолютно ожидаемым образом.