На текущий момент, статистика wordstat предоставляется только на бесплатной основе, а регионы для сбора данных определяются на основе установок проверяемых поисковых систем.
В будущем, возможно, сделаем возможность отдельного сбора статистики с указанием множества регионов.
Сейчас, для получения данных статистики по регионам, в проекте можно создать несколько групп с одинаковыми фразами и с проверкой только по одной поисковой системе Яндекс, но разными регионами. Статистика в каждой группе будет собираться по своему региону.