По умолчанию flash объекты перекрывают все остальные объекты страницы. Вам необходимо добавить праметр "?wmode=opaque" в URL iframe'а c youtube видео.
Более подробное обсуждение данной проблемы доступно к просмотру по ссылке: http://stackoverflow.com/questions/4050999/youtube-iframe-wmode-issue
