Официальный ответ
div, 02.02.2013
Это моя недоработка и описанный баг возникает из-за того, что главное окно перекрывает окно "Создать пустую марку", а в свою очередь скрытое окно создания новых марок получает фокус. Поэтому возникает эффект зависшей программы. Хотя на самом деле достаточно нажать ESC и окно создания марок закроется и фокус получит главное окно программы - эффект зависания прекратится.
Если снять галочку "Поверх всех окон" все будет работать нормально. Params.ini тут ни причем.
Баг будет закрыт в следующей версии программы.