Закладки не исчезают, просто появляется отдельное пустое поле для закладок, которые должны храниться на сервере. Если вы хотите перенести сюда ранее сохраненные локальные закладки, то в режиме "Хранить закладки локально" загрузите ваши закладки на сервер, а затем перейдите в режим "Хранить закладки Онлайн".