Спасибо за вопросы!
Большая их часть освещена в разделе FAQ: http://waylab.ru/page/FAQ/
Отвечу по пунктам здесь:
1. Второй день маршрута добавляется с помощью нового элемента на таймлайне: достаточно нажать на вертикальную серую линию. Детально это описано в 16-ом пункте "Как работать с органайзером маршрута после его создания?" в FAQ
Чтобы явно указать что это новый день - просто дату соответсвующую надо поставить при создании элемента.
2. Видимо последовательность вставки по разному отсортирована в разных представлениях. Разберемся с этим моментом.
3. Места добавляются в избранное либо на странице мест (кнопка "Я хочу сюда"), либо с раздела Исследования через тултип места (это когда кликаете на маркер и открывается название с картинкой от места - там есть кнпока добавления в избранное). Детально про это в пункте №8 "Как добавлять места в избранное и в маршрут?" в FAQ http://waylab.ru/page/FAQ/